A pathway-based analysis provides additional support for an immune-related genetic susceptibility to Parkinson's disease

Peter Holmans; Valentina Moskvina; Lesley Jones; Manu Sharma; Alexey Vedernikov; Finja Buchel; Mohamad Sadd; Jose M. Bras; Francesco Bettella; Nayia Nicolaou; Javier Simón-Sánchez; Florian Mittag; J. Raphael Gibbs; Claudia Schulte; Alexandra Durr; Rita Guerreiro; Dena Hernandez; Alexis Brice; Hreinn Stefánsson; Kari Majamaa; Thomas Gasser; Peter Heutink; Nicholas W. Wood; Maria Martinez; Andrew B. Singleton; Michael A. Nalls; John Hardy; Huw R. Morris; Nigel M. Williams; Sampath Arepalli; Roger Barker; Jeffrey Barrett; Yoav Ben-Shlomo; Henk W. Berendse; Daniela Berg; Kailash Bhatia; Rob M.A. de Bie; Alessandro Biffi; Bas Bloem; Zoltan Bochdanovits; Michael Bonin; Kathrin Brockmann; Janet Brooks; David J. Burn; Gavin Charlesworth; Honglei Chen; Patrick F. Chinnery; Sean Chong; Carl E. Clarke; Mark R. Cookson; Jonathan M. Cooper; Jen-Christophe Corvol; Carl Counsell; Philippe Damier; Jean Francois Dartigues; Panagiotis Deloukas; Günther Deuschl; David T. Dexter; Karin D. van Dijk; Allissa Dillman; Frank Durif; Sarah Edkins; Jonathan R. Evans; Thomas Foltynie; Jianjun Gao; Michelle Gardner; Alison Goate; Emma Gray; Ómar Gústafsson; Clare Harris; Dena G. Hernandez; Jacobus J. van Hilten; Albert Hofman; Albert Hollenbeck; Janice Holton; Michele Hu; Heiko Huber; Gavin Hudson; Sarah E. Hunt; Johanna Huttenlocher; Thomas Illig; Cordelia Langford; Andrew Lees; Suzanne Lesage; Peter Lichtner; Patricia Limousin; Grisel Lopez; Delia Lorenz; Alisdair McNeill; Catriona Moorby; Matthew Moore; Huw Morris; Karen E. Morrison; Ese Mudanohwo; Justin Pearson; Joel S. Perlmutter; Hjörvar Pétursson; Vincent Plagnol; Pierre Pollak; Bart Post; Simon Potter; Bernard Ravina; Tamas Revesz; Olaf Riess; Fernando Rivadeneira; Patrizia Rizzu; Mina Ryten; Mohamad Saad; Stephen Sawcer; Anthony Schapira; Hans Scheffer; Karen Shaw; Una-Marie Sheerin; Ira Shoulson; Ellen Sidransky; Colin Smith; Kári Stefánsson; Stacy Steinberg; Joanna D. Stockton; Sigurlaug Sveinbjornsdottir; Kevin Talbot; Carlie M. Tanner; Avazeh Tashakkori-Ghanbaria; François Tison; Daniah Trabzuni; Bryan J. Traynor; André G. Uitterlinden; Daan Velseboer; Marie Vidailhet; Robert Walker; Bart van de Warrenburg; Mirdhu Wickremaratchi; Nigel Williams; Caroline H. Williams-Gray; Sophie Winder-Rhodes; IPDGC; Nicholas Wood

doi:10.1093/hmg/dds492

Back

A pathway-based analysis provides additional support for an immune-related genetic susceptibility to Parkinson's disease

Journal article

Open access

Peer reviewed

A pathway-based analysis provides additional support for an immune-related genetic susceptibility to Parkinson's disease

Peter Holmans, Valentina Moskvina, Lesley Jones, Manu Sharma, Alexey Vedernikov, Finja Buchel, Mohamad Sadd, Jose M. Bras, Francesco Bettella, Nayia Nicolaou, …

Human molecular genetics, Vol.22(5), pp.1039-1049

01/03/2013

DOI: https://doi.org/10.1093/hmg/dds492

PMCID: PMC3561909

PMID: 23223016

Abstract

Association Studies

Parkinson's disease (PD) is the second most common neurodegenerative disease affecting 1–2% in people >60 and 3–4% in people >80. Genome-wide association (GWA) studies have now implicated significant evidence for association in at least 18 genomic regions. We have studied a large PD-meta analysis and identified a significant excess of SNPs ( P < 1 × 10 −16 ) that are associated with PD but fall short of the genome-wide significance threshold. This result was independent of variants at the 18 previously implicated regions and implies the presence of additional polygenic risk alleles. To understand how these loci increase risk of PD, we applied a pathway-based analysis, testing for biological functions that were significantly enriched for genes containing variants associated with PD. Analysing two independent GWA studies, we identified that both had a significant excess in the number of functional categories enriched for PD-associated genes (minimum P = 0.014 and P = 0.006, respectively). Moreover, 58 categories were significantly enriched for associated genes in both GWA studies ( P < 0.001), implicating genes involved in the ‘regulation of leucocyte/lymphocyte activity’ and also ‘cytokine-mediated signalling’ as conferring an increased susceptibility to PD. These results were unaltered by the exclusion of all 178 genes that were present at the 18 genomic regions previously reported to be strongly associated with PD (including the HLA locus). Our findings, therefore, provide independent support to the strong association signal at the HLA locus and imply that the immune-related genetic susceptibility to PD is likely to be more widespread in the genome than previously appreciated.

Files and links (1)

url

https://doi.org/10.1093/hmg/dds492View

Published (Version of record) Open

Metrics

1 Record Views

See more details

Details

Title: A pathway-based analysis provides additional support for an immune-related genetic susceptibility to Parkinson's disease
Creators - without role: Peter Holmans - Cardiff University
Valentina Moskvina - Cardiff University
Lesley Jones - Cardiff University
Manu Sharma - German Center for Neurodegenerative Diseases
Alexey Vedernikov - Cardiff University
Finja Buchel - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Mohamad Sadd - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jose M. Bras - Neuroscience Institute
Francesco Bettella - deCODE Genetics
Nayia Nicolaou - Amsterdam UMC Location VUmc
Javier Simón-Sánchez - Amsterdam UMC Location VUmc
Florian Mittag - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
J. Raphael Gibbs - National Institute on Aging
Claudia Schulte - Hertie Institute for Clinical Brain Research
Alexandra Durr - Inserm
Rita Guerreiro - Neuroscience Institute
Dena Hernandez - National Institute on Aging
Alexis Brice - Institut du Cerveau
Hreinn Stefánsson - deCODE Genetics
Kari Majamaa - Institut du Cerveau
Thomas Gasser - Hertie Institute for Clinical Brain Research
Peter Heutink - Amsterdam UMC Location VUmc
Nicholas W. Wood - University College London
Maria Martinez - Université Toulouse III - Paul Sabatier
Andrew B. Singleton - National Institute on Aging
Michael A. Nalls - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
John Hardy - Neuroscience Institute
Huw R. Morris - Cardiff University
Nigel M. Williams - Cardiff University
Sampath Arepalli - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Roger Barker - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jeffrey Barrett - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Yoav Ben-Shlomo - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Henk W. Berendse - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Daniela Berg - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Kailash Bhatia - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Rob M.A. de Bie - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Alessandro Biffi - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Bas Bloem - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Alexis Brice - Institut du Cerveau
Zoltan Bochdanovits - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Michael Bonin - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jose M. Bras - Neuroscience Institute
Kathrin Brockmann - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Janet Brooks - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
David J. Burn - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Gavin Charlesworth - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Honglei Chen - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Patrick F. Chinnery - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Sean Chong - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Carl E. Clarke - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Mark R. Cookson - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jonathan M. Cooper - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jen-Christophe Corvol - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Carl Counsell - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Philippe Damier - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jean Francois Dartigues - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Panagiotis Deloukas - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Günther Deuschl - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
David T. Dexter - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Karin D. van Dijk - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Allissa Dillman - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Frank Durif - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Alexandra Durr - Inserm
Sarah Edkins - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jonathan R. Evans - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Thomas Foltynie - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Jianjun Gao - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Michelle Gardner - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Thomas Gasser - Hertie Institute for Clinical Brain Research
J. Raphael Gibbs - National Institute on Aging
Alison Goate - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Emma Gray - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Rita Guerreiro - Neuroscience Institute
Ómar Gústafsson - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
John Hardy - Neuroscience Institute
Clare Harris - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Dena G. Hernandez - National Institute on Aging
Peter Heutink - Amsterdam UMC Location VUmc
Jacobus J. van Hilten - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Albert Hofman - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Albert Hollenbeck - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Peter Holmans - Cardiff University
Janice Holton - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Michele Hu - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Heiko Huber - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Gavin Hudson - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Sarah E. Hunt - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Johanna Huttenlocher - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Thomas Illig - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Cordelia Langford - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Andrew Lees - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Suzanne Lesage - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Peter Lichtner - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Patricia Limousin - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Grisel Lopez - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Delia Lorenz - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Maria Martinez - Université Toulouse III - Paul Sabatier
Alisdair McNeill - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Catriona Moorby - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Matthew Moore - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Huw Morris - Cardiff University
Karen E. Morrison - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Valentina Moskvina - Cardiff University
Ese Mudanohwo - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Michael A. Nalls - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Justin Pearson - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Joel S. Perlmutter - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Hjörvar Pétursson - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Vincent Plagnol - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Pierre Pollak - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Bart Post - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Simon Potter - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Bernard Ravina - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Tamas Revesz - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Olaf Riess - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Fernando Rivadeneira - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Patrizia Rizzu - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Mina Ryten - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Mohamad Saad - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Stephen Sawcer - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Anthony Schapira - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Hans Scheffer - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Manu Sharma - German Center for Neurodegenerative Diseases
Karen Shaw - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Una-Marie Sheerin - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Ira Shoulson - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Claudia Schulte - Hertie Institute for Clinical Brain Research
Ellen Sidransky - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Javier Simón-Sánchez - Amsterdam UMC Location VUmc
Andrew B. Singleton - National Institute on Aging
Colin Smith - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Hreinn Stefánsson - deCODE Genetics
Kári Stefánsson - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Stacy Steinberg - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Joanna D. Stockton - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Sigurlaug Sveinbjornsdottir - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Kevin Talbot - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Carlie M. Tanner - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Avazeh Tashakkori-Ghanbaria - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
François Tison - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Daniah Trabzuni - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Bryan J. Traynor - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
André G. Uitterlinden - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Daan Velseboer - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Marie Vidailhet - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Robert Walker - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Bart van de Warrenburg - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Mirdhu Wickremaratchi - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Nigel Williams - Cardiff University
Caroline H. Williams-Gray - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
Sophie Winder-Rhodes - , , , , , , , , and , , , , , , , , and , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and
IPDGC
Nicholas Wood - University College London
Publication Details: Human molecular genetics, Vol.22(5), pp.1039-1049
Publisher: Oxford University Press
Identifiers: 9934760008331
Academic Unit: King Abdulaziz University
Language: English
Resource Type: Journal article