The genome of Theobroma cacao

Xavier Argout; Jerome Salse; Jean-Marc Aury; Mark J Guiltinan; Gaetan Droc; Jerome Gouzy; Mathilde Allegre; Cristian Chaparro; Thierry Legavre; Siela N Maximova; Michael Abrouk; Florent Murat; Olivier Fouet; Julie Poulain; Yolande Roguet; Maguy Rodier-Goud; Jose Fernandes Barbosa-Neto; Francois Sabot; Dave Kudrna; Jetty Siva S Ammiraju; Stephan C Schuster; John E Carlson; Erika Sallet; Thomas Schiex; Anne Dievart; Melissa Kramer; Laura Gelley; Zi Shi; Aurélie Bérard; Christopher Viot; Michel Boccara; Ange Marie Risterucci; Valentin Guignon; Xavier Sabau; Michael J Axtell; Zhaorong Ma; Yufan Zhang; Spencer Brown; Mickael Bourge; Wolfgang Golser; Xiang Song; Didier Clement; Ronan Rivallan; Mathias Tahi; Joseph Moroh Akaza; Bertrand Pitollat; Karina Gramacho; Angélique d'Hont; Dominique Brunel; Diogenes Infante; Ismael Kebe; Pierre Costet; Rod Wing; W Richard Mccombie; Emmanuel Guiderdoni; Francis Quetier; Olivier Panaud; Patrick Wincker; Stephanie Bocs; Claire Lanaud

doi:10.1038/ng.736

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The genome of Theobroma cacao

Xavier Argout, Jerome Salse, Jean-Marc Aury, Mark J Guiltinan, Gaetan Droc, Jerome Gouzy, Mathilde Allegre, Cristian Chaparro, Thierry Legavre, Siela N Maximova, …

Nature genetics, Vol.43(2), pp.101-8

01/02/2011

DOI: https://doi.org/10.1038/ng.736

PMID: 21186351

Abstract

Cacao

Cell Nucleus

DNA

DNA Transposable Elements

Evolution, Molecular

Gene Expression Regulation, Plant

Genes, Plant

Genome, Plant

Genotype

Homozygote

In Situ Hybridization

Life Sciences

Models, Genetic

Quantitative Trait Loci

Vegetal Biology

We sequenced and assembled the draft genome of Theobroma cacao, an economically important tropical-fruit tree crop that is the source of chocolate. This assembly corresponds to 76% of the estimated genome size and contains almost all previously described genes, with 82% of these genes anchored on the 10 T. cacao chromosomes. Analysis of this sequence information highlighted specific expansion of some gene families during evolution, for example, flavonoid-related genes. It also provides a major source of candidate genes for T. cacao improvement. Based on the inferred paleohistory of the T. cacao genome, we propose an evolutionary scenario whereby the ten T. cacao chromosomes were shaped from an ancestor through eleven chromosome fusions.

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Title: The genome of Theobroma cacao
Creators - without role: Xavier Argout - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jerome Salse - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
Jean-Marc Aury - National Center of Human Genomics Research
Mark J Guiltinan - Pennsylvania State University
Gaetan Droc - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jerome Gouzy - Laboratoire des Interactions Plantes Micro-Organismes
Mathilde Allegre - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Cristian Chaparro - Plant Genome and Development Laboratory
Thierry Legavre - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Siela N Maximova - Pennsylvania State University
Michael Abrouk - Biodiversité, Gènes & Communautés
Florent Murat - Biodiversité, Gènes & Communautés
Olivier Fouet - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Julie Poulain - National Center of Human Genomics Research
Yolande Roguet - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Maguy Rodier-Goud - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jose Fernandes Barbosa-Neto - Plant Genome and Development Laboratory
Francois Sabot - Plant Genome and Development Laboratory
Dave Kudrna - University of Arizona
Jetty Siva S Ammiraju - University of Arizona
Stephan C Schuster - Pennsylvania State University
John E Carlson - Pennsylvania State University
Erika Sallet - Laboratoire des Interactions Plantes Micro-Organismes
Thomas Schiex - Institut National de la Recherche Agronomique
Anne Dievart - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Melissa Kramer - Cold Spring Harbor Laboratory
Laura Gelley - Cold Spring Harbor Laboratory
Zi Shi - Pennsylvania State University
Aurélie Bérard - Institut Jean-Pierre Bourgin
Christopher Viot - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Michel Boccara - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Ange Marie Risterucci - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Valentin Guignon - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Xavier Sabau - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Michael J Axtell - Pennsylvania State University
Zhaorong Ma - Pennsylvania State University
Yufan Zhang - Cold Spring Harbor Laboratory
Spencer Brown - Institut des Sciences du Végétal
Mickael Bourge - Institut des Sciences du Végétal
Wolfgang Golser - University of Arizona
Xiang Song - University of Arizona
Didier Clement - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Ronan Rivallan - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Mathias Tahi - Centre National de Recherche Agronomique
Joseph Moroh Akaza - Centre National de Recherche Agronomique
Bertrand Pitollat - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Karina Gramacho - Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira
Angélique d'Hont - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Dominique Brunel - Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux
Diogenes Infante - Instituto de Estudios Avanzados
Ismael Kebe - Institut des Sciences du Végétal
Pierre Costet - Animalerie spécialisée
Rod Wing - University of Arizona
W Richard Mccombie - Cold Spring Harbor Laboratory
Emmanuel Guiderdoni - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Francis Quetier - University of Évry Val d'Essonne
Olivier Panaud - Plant Genome and Development Laboratory
Patrick Wincker - National Center of Human Genomics Research
Stephanie Bocs - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Claire Lanaud - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Publication Details: Nature genetics, Vol.43(2), pp.101-8
Publisher: Nature Publishing Group
Identifiers: 9945053108331
Academic Unit: King Abdullah University of Science & Technology
Language: English
Resource Type: Journal article